Gapura masjid tak dijumpai di depan saja, karena di dalam ruang utama ibadah, juga terdapat sisa gerbang dari masa awal masjid, yang dikenal dengan nama Lawang Kembar atau Pintu Kembar.
4. Prasasti Sejarah
Masjid ini dibangun tahun 1685, terdapat prasasti sejarah yang terbuat dari batu, yang berasal dari Baitul Maqdis atau Al-Quds di Yerusalem, Palestina.
5. Warisan Wali
Masjid yang terletak di distrik Kauman, Kecamatan Kota Kudus ini, dibangun Syeh Jafar Shodiq, atau dikenal sebagai Sunan Kudus, salah satu Wali Sanga, penyebar agama Islam di negeri ini.
6. Saka Guru
Ada empat tiang utama penyangga bangunan yang disebut Saka Guru serta dan Saka Rawa, yang merupakan empat tiang pendamping.
7. Pembangunan yang Menarik
Tersimpan cerita menarik dalam proses pembangunan masjid yang awalnya bernama Masjid Al-Aqsa ini, yaitu Sunan Kudus membangun menara masjid hanya dengan menggosok-gosokkan batu bata hingga lengket.
8. Komplek Makam