4. Museum Wayang Kekayon
Ada ribuan koleksi wayang tersimpan di museum yang terletak di Banguntapan, Bantul Yogyakarta, yakni wayang purwa, wayang madya, wayang kancil, wayang golek, wayang potehi, wayang bali serta beberapa koleksi topeng.
5. Museum Affandi
Terkenal karena karya-karya Maestro Lukis Affandi yang sangat mendunia, museum ini juga menyimpan beberapa benda yang berhubungan dengan perjalanan hidup Affandi seperti sepeda onthel, mobil sedan kuno, sandal jepit, ember, sarung dan lainnya.
6. Museum Bahari Yogyakarta
Berhubungan erat dengan TNI, museum ini banyak menyimpan alat-alat yang dipakai TNI Angkatan Laut seperti sonar, kapal perang, radar, kompas, ranjau, torpedo, baling-baling dan lainnya.
7. Museum Sonobudoyo
Letaknya tak jauh dari Alun-alun Kraton Yogyakarta, dengan koleksi benda-benda peninggalan dari masa prasejarah sampai masa perkembangan Islam.
8. Museum Perjuangan
Benda-benda sejarah perjuangan seperti patung, relief, foto dan sebagainya, banyak tersimpan di museum ini.