Masjid Kotagede Mataram dibangun dengan gaya khas Keraton Jawa, atapnya berbentuk limasan bertumpang tiga, serambi Masjid juga memperkaya suasana tradisional. Diperoleh keterangan, serambi inilah yang menjadi bangunan khas warisan Kasunanan Surakarta.
Dalam sejarahnya Masjid Kotagede merupakan hadiah dari Sultan Hadiwijaya kepada Ki Ageng Pemanahan, atas keberhasilannya mengalahkan Arya Penangsang. Setelah berdiri Kerajaan Mataram Islam, Kotagede menjadi Ibu Kota Kerajaan Mataram Islam. ***